Władze Stowarzyszenia tworzą: Walne Zgromdzenie, Zarząd, Komisja Rewizyjna i Sąd Koleżeński.

Kadencja 2016-2019

Zarząd:

Pan prof. dr hab. Tomasz Hermanowski - Prezes
Pan prof. dr hab. Stanisław Marciniak - Wiceprezes
Pani dr Wacława Wojtala – Wiceprezes
Pani dr inż. Małgorzata Chmielewska - Sekretarz
Pani mgr farm. Urszula Cegłowska - Skarbnik
Pan mgr Stanisław Brzozowski - Członek Zarządu (do 27 sierpnia 2018 roku)

Komisja Rewizyjna:

Pan mgr Krzysztof Rogalski - Przewodniczący
Pani mgr Justyna Filip
Pan mgr Piotr Koszewski

Sąd Koleżeński:

Pani lek. med. Grażyna Lewicka - Przewodnicząca (do 18 czerwca 2018 r.)
Pani dr Gabriela Sujkowska - Przewodniczaca (od 18 czerwca 2018 r.) 
Pani dr inż. Jolanta Korkosz-Gębska
Pan dr n. med. Dariusz Timler

Kadencja 2013-2015

Stan na dzień 31 grudnia 2015 roku

 Zarząd:

1. Pan prof. dr hab. Tomasz Hermanowski - Prezes
2. Pani dr Wacława Wojtala - Wiceprezes
3. Pani mgr farm. Urszula Cegłowska - Skarbnik
4. Pani mgr inż. Małgorzata Chmielewska - Sekretarz
5. Pan mgr Stanisław Brzozowski - Członek Zarządu

Komisja Rewizyjna:

1. Pani mgr Justyna Filip
2. Pan mgr Krzysztof Rogalski - Przewodniczący

Sąd Koleżeński:

1. Pani dr hab. Ewa Orlewska - Przewodnicząca
2. Pani mgr farm. Aleksandra Krancberg

Władze wybrane na I WZC PTEZ w dniu 31 lipca 2013 r.

Zarząd

1. Pan prof. dr hab. Tomasz Hermanowski, Prezes
2. Pani dr Wacława Wojtala, Wiceprezes
3. Pan profesor Bogdan Wojtyniak, Wiceprezes
4. Pan dr Adam Kozierkiewicz, Skarbnik
5. Pani mgr Aleksandra Drozdowska, Sekretarz

Komisja Rewizyjna

1. Pan mgr Stanisław Brzozowski
2. Pani mgr Urszula Cegłowska
3. Pan mgr Jakub Rutkowski

Sąd Koleżeński

1. Pani dr hab. Ewa Orlewska
2. Pani mgr Małgorzata Chmielewska
3. Pani mgr Aleksandra Krancberg